Основной природной особенностью национального парка является уникальный шхерный ландшафт по берегам пресноводного водоема, не имеющий аналогов в России и Европе. 

«Острова Ладожского озера и прибрежные территории обладают уникальным растительным миром и самым высоким в Карелии уровнем биологического разнообразия. Здесь, в частности, обитает ладожская кольчатая нерпа - мы сохраняем ее ареал», - отметил глава Минприроды России Александр Козлов.

Территория шхер имеет ключевое значение для сохранения ладожской кольчатой нерпы – вида-эндемика, занесенного в Красные книги России и МСОП. Здесь концентрируется около 20% репродуктивной части её популяции.

Кроме того, на территории нацпарка имеется большое количество скальных пород различного состава, в том числе докембрийских, хорошо видны следы деятельности последнего оледенения. Рельеф территории крайне разнообразен и представлен как низкими участками (песчаными пляжами, прибрежными и пойменными лугами), так и высокими скальными грядами (горы Петсевара в северной части национального парка).

Глубокие и мелководные участки Ладожского озера, устьевые участки рек представляют собой места обитания различных групп водных и околоводных организмов, нерестилища охраняемых и ценных видов рыб, а также птичьи колонии, которые особенно характерны для небольших безлесных островов в периферийной части шхер.