Сама история заповедной системы неразрывно связана с развитием научной мысли в России. Имена великих ученых и исследователей, которыми наша страна прославилась в веках, тесно связаны с историей заповедного дела: Василий Васильевич Докучаев, Григорий Александрович Кожевников, Вениамин Петрович и Андрей Петрович Семеновы-Тяншанские - этот ряд можно продолжить многими именами великих людей, внесших вклад в становление отечественной охраны природы. Предложенные ими основы создания заповедной системы актуальны и сейчас, находят применение как в нашей стране, так и за её пределами. 

105 лет назад в Баргузинской тайге на восточном побережье Байкала был организован первый в России государственный природный заповедник – Баргузинский. Главной задачей, поставленной перед заповедником, стало восстановление баргузинского соболя. Реализовать её без организации комплексных научных исследований было невозможно.  Именно поэтому первым директором заповедника был назначен ученый-подвижник Константин Алексеевич Забелин. С тех пор история повторялась неоднократно. Благодаря заповедникам и национальным паркам, научным коллективам, работающим в них, восстановлены или восстанавливаются многие редкие и хозяйственно ценные виды животных и растений. 
 

Сегодня перед особо охраняемыми природными территориями (ООПТ) стоят более сложные, комплексные научные задачи, решение которых позволит объективно понимать процессы, происходящие в природе, в том числе под влиянием изменений климата, а также даст возможность предложить пути адаптации к этим процессам, обеспечить сохранение биологического разнообразия страны, включая редкие виды, и в целом внести весомый вклад в обеспечение экологической безопасности государства. 

В 2022-м году на особо охраняемых природных территориях федерального значения запланировано проведение более 300 научных исследований, мероприятий и проектов, результаты которых пополнят практически не имеющую аналогов в мире базу научных данных, накопленную российскими заповедниками и национальными парками. 

Основным направлением научных изысканий на ООПТ остается изучение естественного хода процессов и явлений, протекающих в природе. Результатом выполнения этой работы, сочетающей многолетнее накопление и анализ фактических данных о состоянии живой и неживой природы на ООПТ, является уникальный продукт – Летопись природы. Ряды многолетних наблюдений в старейших заповедниках охватывают период более 80 лет. Летопись рассказывает о том, как меняется видовой состав флоры и фауны на охраняемых территориях, климатические характеристики, рельеф, сроки наступления и продолжительности сезонов года по данным фенологических наблюдений и многое другое. Также среди ставших уже традиционными тематик исследований – изучение биологии и экологии редких видов и разработка мер по их охране, изучение влияния на экосистемы и виды антропогенных воздействий и изменений климата; исследования историко-культурного наследия; изыскания в области рекреационного природопользования; разработка мер по предупреждению и снижению негативного воздействия пожаров и многие другие. 
 

Научные сотрудники ООПТ неизменно выступают составителями очерков в красных книгах разного уровня, членами редакционных коллегий научных и научно-популярных изданий, экспертных советов при органах власти, участвуют в проведении государственных и общественных экологических экспертиз, разработке схем территориальных систем охраны природы, являются авторами научных, научно-популярных и литературных произведений.

Сегодня в системе особо охраняемых природных территорий федерального значения трудится около 800 научных работников, более половины из них имеют ученую степень доктора или кандидата наук. Многие посвятили работе на охраняемых природных территориях всю трудовую жизнь. Есть в системе и династии ученых. Наиболее многочисленные научные отделы действуют в Окском заповеднике (36 человек, в т.ч. 18 научных сотрудников), в Сочинском национальном парке (33 человека, в т.ч. 25 научных сотрудников), в Кавказском заповеднике (21 человек, в т.ч. 15 научных сотрудников), в Астраханском заповеднике (21 человек, в т.ч. 15 научных сотрудников).